Основными органами управления Института являются Общее собрание учредителей, Ученый совет, Ректорат, Ученые советы факультетов, Студенческий совет самоуправления. Работа этих органов осуществляется в соответствии с Конституцией и законами РФ, нормативными документами Рособразования, Министерства здравоохранения и социального развития РФ, Агентства по здравоохранению и социальному развитию, Устава института, локальными актами. Руководство институтом осуществляет Ученый совет. Ученый совет самостоятельно решает вопросы, относящиеся к его ведению в соответствии с действующим законодательством и Уставом института. Ученый совет является выборным представительным органом, осуществляющим общее руководство институтом. Порядок работы Ученого совета определяется Федеральным законом "Об образовании" и "О высшем послевузовском профессиональном образовании", типовым положением "Об образовательном учреждении высшего профессионального образования (высшем учебном заведении) Российской Федерации", Уставом института и принятым регламентом. Деятельность Ученого совета основывается на демократических принципах свободного обсуждения и коллективного решения рассматриваемых вопросов. Решения Ученого совета являются обязательными для всех работников факультетов, кафедр, учебных и научных подразделений и других подразделений Института. Ученый совет несет ответственность за своевременное выполнение принятых решений должностными лицами и работниками подразделений Института и имеет право контроля за ходом исполнения принятых решений. Председателем Ученого совета является президент-ректор института. Состав Ученого совета утверждается приказом президента-ректора. Непосредственное управление институтом осуществляет ректор. Оперативное руководство ведет совещательный орган-ректорат. Отдельными направлениями руководят проректоры. Общее руководство деятельностью факультета осуществляет Ученый совет факультета в соответствии с положением о факультете. Факультеты возглавляют деканы, кафедры - заведующие, избираемые тайным голосованием на Ученом совете академии. В институте имеются локальные акты по всем видам его деятельности, утвержденные Ученым советом. По всем направлениям деятельности ведется годовое планирование, а также разработан перспективный план развития института на 2007-2009 г. Реализуя подготовку врачей, клинических психологов и менеджеров, Институт осуществляет свою деятельность на основе следующих принципов: - непрерывность деятельности как единого учебного, учебно - научного, лечебного и практического комплекса; - использование многообразия форм, уровней, методов и подходов к образовательной, реабилитационной, лечебной, научной и практической деятельности; -активное участие в выполнении образовательных и гуманитарных функций; - интегрированность научно-педагогической деятельности на основе межкафедрального, межфакультетского и межвузовского сотрудничества; - ориентированность на обеспечение непрерывности образовательного процесса в довузовский, вузовский и послевузовский периоды; - укрепление фундаментальности подготовки врача, клинического психолога и менеджера; - подготовка врачей, клинических психологов и менеджеров с учетом заявок органов здравоохранения города Москвы, Московской области и других регионов (Чеховский район Московской области, Медицинский центр Управления Делами Президента РФ и др.); - подготовка научных изданий и учебно-методических пособий для учебного процесса и практической работы в системе здравоохранения; - разработка и внедрение в учебный процесс и практику здравоохранения инновационных технологий; - организация и проведение консультативной и медицинской помощи населению, лечебным учреждениям и психологическим службам региона. Организация управления Институтом полностью соответствует уставным требованиям, собственной нормативной и организационно-распорядительной документации и действующему законодательству. На протяжении всего периода существования вуз постоянно работает над совершенствованием своей структуры, расширением видов деятельности и сотрудничества, разработкой и внедрением инновационных проектов.